เรื่องย่อ : หลังจาก Makoto Naegi และผู้รอดชีวิตจากเพื่อนของเขาหนีจาก Hope’s Peak Academy ไปทั่วโลกในไม่ช้าพวกเขาก็เข้าร่วม Future Foundation ซึ่งเป็นองค์กรที่อุทิศตนเพื่อต่อสู้กับความสิ้นหวัง เมื่อทุกคนดูเหมือนจะเงยหน้าขึ้นมอง Naegi ถูกจับกุมและพยายามทรยศเนื่องจากการปกป้องกลุ่มของ Remnants of Despair ที่เป็นอันตราย ยืนอยู่ต่อหน้าผู้บริหารมูลนิธิในอนาคตทั้งหมดเขาพบว่าตัวเองพร้อมกับ Kyouko Kirigiri และ Aoi Asahina เผชิญกับชะตากรรมที่ไม่รู้จัก เรื่องที่อยู่ในมือจะเพิ่มขึ้นก็ต่อเมื่อความปลอดภัยที่ไม่อาจยอมรับได้ขององค์กรถูกแฮ็กเข้าไป ใบหน้าที่คุ้นเคย: Monokuma หมีเครื่องจักรกลประกาศทันทีที่เริ่มเกมฆ่าใหม่ทันทีหลังจากนั้นเหยื่อรายแรกก็ปรากฏขึ้นเป็นสัญญาณสำหรับความสิ้นหวังที่จะกลับมาพิชิตอย่างโหดร้าย ในบทสรุปของเรื่องราวความหวังและความสิ้นหวังของ Danganronpa, Naegi, นักเรียน Lucky High-School ระดับมัธยมต้องกลับมาไขปริศนาอีกครั้งเมื่อเพื่อนร่วมงานและเพื่อน ๆ อย่างไรก็ตามไม่มีการทดลองในชั้นเรียนอีกต่อไป ในหมู่ผู้เข้าร่วมที่หมดหวัง 16 คนมีนักฆ่าเพียงคนเดียวและการตายของพวกเขาหมายถึงจุดจบของเกมนรกนี้